三、跟蹤問效法。查閱原己審計過的審計檔案資料以及“審計線索庫”，全面系統(tǒng)地掌握以前年度專項資金審計情況及其他審計項目已發(fā)現(xiàn)的審計線索，實施跟蹤審計的方法。運用這種方法好處有三：一是有的放矢的制定審計實施方案，正確確定審計目標(biāo)、審計重點、審計難點，根據(jù)審計人員的特長合理分工，整合審計資源，提升審計質(zhì)量。二是查看以前年度審計結(jié)論落實情況，查看存在問題的整改力度及審計所產(chǎn)生的經(jīng)濟效益、社會效益，將未落實的結(jié)論予以落實，將未整改的問題督促整改，以維護審計執(zhí)法的嚴(yán)肅性、權(quán)威性。實現(xiàn)“以審糾偏，以審促知，以審促法”的目標(biāo)。三是根據(jù)已發(fā)現(xiàn)的審計線索制定單項審計方案，實施跟蹤審計，沿著可疑線索順藤摸瓜一查到底，弄清事實真相，依法嚴(yán)肅處理處罰。做到源于審計，高于審計，為規(guī)范專項資金、工程項目管理，拓寬其管理方法提出合理化建議。
　　四、內(nèi)查外調(diào)法。是指通過內(nèi)查會計、項目資料，尋找可疑線索，跟蹤外調(diào)查清事實真相的方法。針對專項資金涉及面廣、流通渠道長的現(xiàn)實，審計人員應(yīng)緊緊圍繞“從制度上和管理上揭露分析問題，維護專項基金的安全完整，促進建立專項支出預(yù)算，完善專項資金管理制度”的審計目標(biāo)。把追蹤資金使用效益和相關(guān)交易作為審計重點。從內(nèi)查入手，測評內(nèi)控制度的科學(xué)性、實用性，找準(zhǔn)切入點；外調(diào)內(nèi)控制度執(zhí)行力度、資金使用情況，核實資金是否安全有效運行，重點弄清有無弄虛作假、虛報冒領(lǐng)的情況，如編造改田、退耕還林、植樹造林兌現(xiàn)花名冊，虛報面積，套取資金。內(nèi)查專款支出情況，審查有無擠占挪用專款用于經(jīng)費支出、購買小轎車、修建住宅樓等非生產(chǎn)性消費；外調(diào)開戶情況，核實主管單位有無多頭開戶現(xiàn)象，重點審查有無從銀行帳上套取現(xiàn)金，有無用大額現(xiàn)金支票撥款現(xiàn)象，有無從主管部門銀行帳轉(zhuǎn)入建設(shè)單位銀行帳，再利用虛假物資配套形式收回專款的情況。通過內(nèi)查外調(diào)，單線取證，多方核實，揭示專項資金管理中存在的漏洞。
　　五、逐項核對法。是指對會計資料上反映的會計事項分類逐項核對的方法。專項資金包含扶貧資金（含以工代賑、水利專項等）移民資金、社保基金等。為了全面掌握資金運行的過程，實行源頭控制，全程監(jiān)理，逐項核對很重要。一是核對專款是否按預(yù)算、按計劃、按程序、按進度及時足額撥付。審查有無超計劃、無計劃、串項撥款；有無超規(guī)定（移民資金可按規(guī)定列支管理費）、無規(guī)定（各級行政管理部門不準(zhǔn)從水利基建資金中以任何形式提取管理費）列支管理費；有無打著確保工程物資質(zhì)量的幌子，給項目單位配套物資；有無打著預(yù)留工程尾款的幌子，有意滯留專款。二是核對是否按規(guī)定渠道撥款，審查是否執(zhí)行了直達撥款制，重點審查有無從財政部門撥入主管部門，再轉(zhuǎn)撥給鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）政府，再轉(zhuǎn)撥給項目單位的現(xiàn)象，從而層層滯留專款，多渠道多環(huán)節(jié)流通，直接影響工程進度、質(zhì)量的問題。三是核對專款支出確認的準(zhǔn)確性，入帳的及時性，審查有無以撥列支、以領(lǐng)代支；有無弄虛作假，即通過開假發(fā)票多列支出套取資金，或虛掛往來移花接木轉(zhuǎn)移資的情況。四是核對專款主管部門對口支援收入來源，若來源于項目單位，則有可能是運用權(quán)力，通過虛報投資計劃、重報項目（原用其他資金已建成的項目）轉(zhuǎn)回的資金。